L'institut est dirigé par un directeur et administré par un conseil d'administration, assisté d'un conseil scientifique, d'un conseil des enseignants et, pour chaque école, d'un conseil des études. Le directeur de l'institut peut réunir en formation plénière les conseils des études.

L'institut est divisé en départements, services et unités de recherche, créés sur proposition du directeur par le conseil d'administration après avis des conseils prévus à l'article 5, selon les modalités fixées à l'article 17 ci-dessous.
Le conseil d'administration constitue une commission permanente dans les conditions fixées à l'article 18 ci-dessous.

Le directeur est nommé par arrêté du ministre de l'agriculture après avis du conseil d'administration et selon les modalités fixées par le décret du 25 novembre 1980 susvisé.

Le directeur est assisté d'un secrétaire général et, pour chaque école, d'un directeur des études.

Le directeur assure le bon fonctionnement de l'établissement sur les plans administratif, financier, pédagogique, scientifique et technique.

Le directeur gère l'établissement, le représente en justice et à l'égard des tiers dans tous les actes de la vie civile. A cet effet notamment :
1° Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration ;
2° Il prépare le budget et l'exécute ;
3° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
4° Il préside les différents conseils de l'établissement autres que le conseil d'administration et le conseil scientifique ;
5° Il a autorité sur l'ensemble du personnel de l'établissement et affecte dans les différents services les personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service ;
6° Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration ;
7° Il assure le maintien de l'ordre et de la sécurité et peut faire appel à la force publique ;
8° Il conclut les contrats, conventions et marchés dans la limite de la délégation que lui consent le conseil d'administration ;
9° Il peut déléguer sa signature au secrétaire général et aux directeurs des études ainsi qu'aux chefs des départements, services et unités de recherche créés en application de l'article 6 ci-dessus ;
10° Il organise les élections aux différents conseils de l'institut selon les modalités définies aux articles 29 à 34 ci-après, complétées par le règlement intérieur ;
11° Il dispose du pouvoir disciplinaire à l'égard des élèves.

En cas d'absence du directeur, le secrétaire général est appelé à le suppléer.
En cas d'empêchement du directeur, l'intérim est assuré dans les conditions prévues à l'article R. 811-102 du code rural.

Le conseil d'administration comprend quarante membres :
a) Dix membres de droit :

• six représentants de l'Etat désignés par le ministre de l'agriculture ;
• trois représentants des collectivités territoriales sur le territoire desquelles est situé l'établissement, désignés respectivement par le conseil régional, le conseil général et le conseil municipal de la commune d'implantation, ou l'assemblée délibérante de l'établissement public de coopération intercommunale compétent ;
• le président de l'association des anciens élèves ou son représentant ;

b) Dix personnalités, désignées par le ministre de l'agriculture, représentatives des professions et activités éducatives, économiques et de recherche présentant un lien avec les missions de l'établissement ;
c) Vingt membres élus :

• quatre représentants des professeurs et personnels de niveau équivalent ;
• quatre représentants des maîtres de conférences et des autres enseignants ;
• six représentants des élèves ;
• six représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service et des personnels exerçant leurs activités de recherche dans le cadre d'une unité mixte de recherche à laquelle l'établissement participe.

Le conseil d'administration élit pour trois ans un président et un vice-président parmi les personnes extérieures et n'assurant pas la représentation de l'Etat.

Les fonctions de membre du conseil d'administration sont exercées à titre gratuit. Toutefois, les frais de déplacement occasionnés par les séances du conseil sont remboursés dans les conditions fixées par le décret du 28 mai 1990 susvisé.

Le directeur, le secrétaire général, le directeur des études de chaque école, l'agent comptable et le contrôleur financier assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.
En cas d'empêchement, l'agent comptable doit se faire représenter.
Le président peut inviter à assister aux séances du conseil toute personne dont il juge la présence utile, compte tenu de l'ordre du jour de la réunion.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président qui en fixe l'ordre du jour. La convocation est adressée par écrit aux membres du conseil au moins quinze jours avant la date de la réunion. Il est réuni également à la demande du ministre de l'agriculture, du directeur de l'institut ou de la majorité de ses membres.
Le conseil ne peut valablement délibérer que lorsque la moitié au moins de ses membres sont présents ou valablement représentés. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué dans un délai de quinze jours. Il peut alors siéger sans condition de quorum.
En cas d'empêchement du président, le conseil est présidé par le vice-président.
Les délibérations sont prises à la majorité des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.

Le conseil d'administration fixe les orientations générales de l'établissement. Il délibère sur :
1° Le règlement intérieur ;
2° Le budget et ses décisions modificatives ;
3° Le compte financier, l'affectation des résultats et l'utilisation des fonds de réserve ;
4° L'acceptation des dons et legs ;
5° Les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles et de valeurs mobilières, baux et locations ;
6° Les emprunts et prises de participations financières ;
7° La participation à des groupements d'intérêt public ou à toute forme de groupement public ou privé ;
8° Les accords, conventions et marchés à l'exception de ceux pour lesquels le directeur a reçu délégation ;
9° Les dépôts de brevets ou de dossiers de propriété industrielle ;
10° Les caractéristiques des emplois à l'exception des catégories pour lesquelles le directeur a reçu délégation ;
11° Les actions en justice et les transactions ;
12° L'organisation interne de l'institut et des écoles dans le cadre des présents statuts ;
13° Les programmes de chacune des écoles.
Il peut déléguer certaines de ses attributions à la commission permanente.

Le conseil d'administration arrête la composition de la commission permanente. Il en désigne chaque année les membres en son sein.
Indépendamment du président ou, en son absence, du vice-président du conseil d'administration, la commission comprend de six à neuf membres parmi lesquels doivent figurer au moins un représentant de l'Etat, deux représentants des enseignants, un représentant des élèves et un représentant des personnels administratifs, des ingénieurs et des personnels techniques de formation et de recherche régis par le décret du 6 avril 1995 susvisé. Les membres empêchés peuvent être remplacés par les suppléants désignés en même temps que les titulaires et dans les mêmes conditions.
Le directeur assiste de droit aux réunions de la commission permanente.
La commission permanente est réunie par le président du conseil d'administration, à la demande du directeur de l'institut.
La commission permanente rend compte au conseil d'administration de ses délibérations à la prochaine séance de ce dernier.

Sans préjudice des dispositions des articles R. 811-96 et suivants du code rural, les délibérations du conseil d'administration deviennent exécutoires si, dans un délai d'un mois suivant leur réception par le ministre de l'agriculture, celui-ci n'y fait pas opposition.

Le conseil scientifique comprend, outre le directeur de l'institut, quinze membres, dont huit au moins doivent être habilités à diriger des recherches :
1° Un représentant d'un organisme public de recherche nommé par le ministre de l'agriculture ;
2° Sept personnalités extérieures à l'établissement nommées par le ministre de l'agriculture en raison de leur compétence scientifique ou professionnelle ;
3° Trois représentants élus des professeurs et personnels assimilés de l'établissement ;
4° Un représentant élu des maîtres de conférences titulaires d'une habilitation à diriger des recherches ;
5° Deux représentants élus des autres maîtres de conférences ;
6° Un représentant élu des élèves inscrits en troisième cycle.
Le président de ce conseil est élu parmi les personnalités extérieures à l'établissement.
Le directeur peut se faire assister ou représenter aux séances par toute personne de son choix.

Le conseil scientifique soumet au conseil d'administration les orientations des politiques de recherche, de documentation scientifique et technique. Il donne son avis sur la répartition des crédits budgétaires de recherche.
Il est consulté sur les programmes et contrats de recherche conduits dans l'établissement ou avec sa participation ainsi que sur les caractéristiques à donner aux emplois pourvus ou à pourvoir d'enseignants-chercheurs et de chercheurs. Il est également consulté sur la création et la transformation d'unités de recherche et sur l'organisation en départements et services pour les domaines relevant de sa compétence.
Il exerce les compétences dévolues par les textes en vigueur relatifs aux études doctorales.
Il évalue périodiquement les activités, la stratégie et les résultats de la recherche.
Il assure la liaison entre l'enseignement et la recherche ; il est notamment consulté sur les projets de création ou de modification des diplômes de l'établissement et il est tenu informé de l'évolution des formations conduisant à la délivrance d'un diplôme par l'institut ou les écoles, seules ou en association avec d'autres établissements.

Le conseil des études de chaque école comprend, outre le directeur de l'institut, président, quinze membres :
1° Trois représentants élus des professeurs et personnels assimilés ;
2° Trois représentants élus des autres enseignants-chercheurs ;
3° Un représentant élu des autres enseignants ;
4° Trois représentants élus des élèves ;
5° Trois représentants élus des personnels administratifs, des ingénieurs et des personnels techniques de formation et de recherche ;
6° Deux personnalités extérieures désignées par le conseil d'administration parmi ses membres nommés au titre du 3° de l'article 12.
Le directeur des études de chaque école et le secrétaire général assistent aux séances du conseil des études avec voix consultative.

Chaque conseil des études :
1° Soumet au conseil d'administration, après avis du conseil des enseignants, les programmes des enseignements de formation initiale et continue conduisant à la délivrance d'un diplôme ou d'un certificat de l'école ;
2° Propose au conseil d'administration, après avis du conseil des enseignants, les modalités de contrôle des études ;
3° Soumet au conseil d'administration les demandes d'habilitation à délivrer des diplômes nationaux ;
4° Donne son avis sur les projets de nouvelles filières, de nouveaux cursus et de nouveaux enseignements ;
5° Contribue à définir les méthodes pédagogiques propres à chacun des enseignements de l'école ;
6° Propose les dispositions nécessaires à l'orientation et à l'entrée des élèves dans la vie active.

Le conseil plénier, réuni comme il est dit à l'article 5, prépare les mesures de nature à favoriser les activités culturelles, sportives, sociales ou associatives offertes aux élèves et à améliorer leurs conditions de vie et de travail. Il examine, notamment, les mesures relatives aux activités de soutien, aux oeuvres sociales, aux services médicaux et sociaux, aux bibliothèques et centres de documentation. Il soumet au conseil d'administration de l'institut les besoins des différents services en matière de crédits de fonctionnement, d'équipement et de travaux.
Il propose au conseil d'administration de l'institut les dispositions du règlement intérieur.
Il se constitue en conseil de discipline des élèves et propose au directeur de l'institut les sanctions autres que l'avertissement et le blâme, qui peuvent être soit l'exclusion temporaire, soit l'exclusion définitive.
Dans sa formation disciplinaire, le conseil plénier ne comprend pas les personnalités extérieures désignées à l'article 22 (6°). Il entend, avant de se prononcer, la personne objet de la poursuite.

Le conseil des enseignants, outre le directeur de l'institut, président, est constitué à parité de professeurs et de représentants élus des autres enseignants.
Les professeurs et les responsables de départements en sont membres de droit.
Les représentants élus des maîtres de conférences et des autres enseignants complètent, à due concurrence, les membres de droit.
Il peut, selon les questions inscrites à l'ordre du jour, se réunir soit en assemblée plénière soit en formation restreinte dans les conditions prévues par le règlement intérieur de l'institut.

Le conseil des enseignants :
1° Soumet au conseil d'administration, après avis du conseil des études de l'une des deux écoles, les programmes des enseignements de chaque école préparés au sein des départements et présentés par les responsables de départements ;
2° Peut effectuer, à l'initiative du conseil d'administration, du conseil des études de l'une des deux écoles ou de sa propre initiative, toutes études et recherches relatives à la conception et à l'organisation de l'enseignement dans cette école ;
3° Donne son avis au conseil d'administration sur les parties du règlement intérieur qui se rapportent à l'enseignement et à la sanction des études ;
4° Veille au contrôle et à la sanction des études ; propose au directeur de l'institut les mesures éventuelles de redoublement ou d'exclusion des élèves pour insuffisance dans les études, après avoir entendu ces derniers ;
5° Propose au ministre de l'agriculture ou au directeur de l'institut, chacun pour ce qui le concerne, l'attribution du ou des diplômes sanctionnant, dans les conditions de la réglementation en vigueur, les formations dispensées par l'institut et par chacune des écoles ;
6° Soumet au conseil d'administration la création ou la transformation de postes d'enseignants-chercheurs et de chercheurs ou d'emplois administratifs et de service à l'intérieur des différents départements ;
7° Exerce les compétences qui lui sont dévolues par le décret du 21 février 1992 susvisé.

Les modalités de fonctionnement du conseil scientifique, du conseil des enseignants, des conseils des études, des départements, des services et des unités de recherche sont fixées par le règlement intérieur de l'institut.

Les élections aux conseils ont lieu au scrutin uninominal majoritaire à deux tours lorsqu'il y a, au plus, deux sièges à pourvoir.
Lorsqu'il y a plus de deux sièges à pourvoir, elles ont lieu au scrutin de liste à un tour à la représentation proportionnelle avec répartition des sièges restant à pourvoir selon la règle du plus fort reste.
Le dépôt de candidature est obligatoire. Les listes peuvent être incomplètes.

Le conseil d'administration nomme une commission chargée d'assister le directeur dans le contrôle des opérations électorales.
Cette commission proclame les résultats dans un délai maximum de deux jours à l'issue du dépouillement.
En cas de contestation, elle doit être saisie au plus tard le cinquième jour suivant la proclamation des résultats. Elle statue dans un délai maximum de dix jours.

Sont électeurs dans leurs collèges respectifs :
1° Les professeurs, titulaires et associés, régis par les décrets du 21 février 1992 et du 6 mai 1995 susvisés, ainsi que les directeurs de recherches des établissements publics scientifiques et technologiques, affectés dans l'établissement ;
2° Les maîtres de conférences, titulaires et associés, régis par les décrets précités, les autres enseignants et les chargés de recherches affectés dans l'établissement ;
3° Les élèves régulièrement inscrits et effectivement en cours d'études dans l'établissement ;
4° Les personnels administratifs, les ingénieurs et les personnels techniques de formation et de recherche régis par le décret du 6 avril 1995 susvisé et les ingénieurs des corps techniques exerçant la totalité de leurs obligations de service, autres que d'enseignement, dans l'établissement.
Les listes électorales sont affichées quinze jours au moins avant la date des élections.
Les fonctionnaires stagiaires ainsi que les personnels non titulaires ou vacataires exerçant au moins à mi-temps des fonctions similaires à celles exercées par les personnels titulaires relevant des collèges énumérés ci-dessus, sont électeurs mais ne sont pas éligibles.

La durée du mandat des membres des conseils est de trois ans, à l'exception de celui des représentants des élèves, qui est d'un an.

Tout membre d'un conseil empêché de participer à une réunion peut donner pouvoir à un autre membre de ce conseil. Nul ne peut recevoir plus de deux pouvoirs.

Tout membre d'un conseil qui n'est pas effectivement présent ou représenté à trois séances consécutives est considéré comme démissionnaire.

Tout membre, élu ou nommé, perdant la qualité au titre de laquelle il siège au sein d'un conseil, est remplacé dans les mêmes conditions, pour la durée du mandat restant à courir.