L'établissement est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Des régies d'avances et de recettes peuvent être créées par décision du directeur général, avec l'accord de l'agent comptable et le contrôleur budgétaire, dans les conditions prévues par le décret susvisé du 20 juillet 1992.

Les charges de l'établissement sont présentées sous la forme de trois enveloppes regroupant :

1° Les frais de personnel, qui comprennent :

a) Les rémunérations d'activité ;

b) Les cotisations et contributions sociales ;

c) Les prestations sociales et allocations diverses ;

2° Les dépenses de fonctionnement et d'intervention ;

3° Les dépenses d'investissement.

Le cas échéant, sur décision de l'organe délibérant, les dépenses d'intervention peuvent faire l'objet d'une enveloppe distincte.

La Cité de la musique est soumise au contrôle économique et financier de l'Etat prévu par le présent décret et le décret du 26 mai 1955 susvisé.

Les attributions du membre du corps du contrôle général économique et financier et les modalités d'exercice de son contrôle sont précisées en tant que de besoin par arrêté conjoint du ministre chargé de la culture et du ministre chargé de l'économie et des finances. Le membre du corps du contrôle général économique et financier est nommé par arrêté du ministre chargé des finances.