L'Agence bibliographique de l'enseignement supérieur est administrée par un conseil d'administration et dirigée par un directeur.

Le conseil d'administration comprend douze membres :
1° Quatre membres de droit :
a) Le directeur chargé des bibliothèques au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
b) Le directeur chargé de la recherche au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
c) Le directeur chargé du livre et de la lecture au ministère chargé de la culture ou son représentant ;
d) Le président de la Bibliothèque nationale de France ou son représentant ;
2° Cinq personnalités nommées par le ministre chargé de l'enseignement supérieur en raison de leurs compétences dans les domaines définis à l'article 2 dont deux présidents d'université, sur proposition de la conférence des présidents d'université ;
3° Trois membres élus par et parmi les personnels de l'Agence bibliographique de l'enseignement supérieur :
a) Un représentant des conservateurs et des conservateurs généraux de bibliothèques ;
b) Un représentant des personnels ingénieurs ;
c) Un représentant des personnels administratifs, techniques, ouvriers et de service.

Le président du conseil d'administration est nommé par le ministre chargé de l'enseignement supérieur parmi les membres du conseil mentionnés au 2° de l'article 5.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour. En outre, il peut se réunir en séance extraordinaire, à la demande du ministre chargé de l'enseignement supérieur ou de la majorité de ses membres sur un ordre du jour précis et limité.
Le conseil ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres en exercice est présente ou représentée. Si le quorum n'est pas atteint à l'ouverture de la séance, le conseil est à nouveau convoqué dans un délai de huit jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents ou représentés.
Un membre du conseil peut se faire représenter par un autre membre du conseil. Aucun membre du conseil ne peut être porteur de plus de deux mandats.
Les délibérations sont prises à la majorité absolue des membres présents ou représentés.
En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Le procès-verbal de chaque séance est adressé au ministre chargé de l'enseignement supérieur dans les quinze jours qui suivent la réunion du conseil.
Assistent aux séances du conseil avec voix consultative le directeur de l'agence et l'agent comptable.
Le conseil d'administration peut, sur proposition de son président, inviter toute personne dont la présence est jugée utile à assister aux séances.

Les représentants des personnels sont élus au scrutin majoritaire uninominal à deux tours, le premier tour à la majorité absolue, le second à la majorité relative. En cas d'égalité des voix au second tour, le siège est attribué au candidat le plus âgé.
Sont électeurs et éligibles les personnels en fonctions à l'agence assurant au moins la moitié de leurs obligations de service pour le compte de l'agence.

Les membres du conseil autres que les membres de droit sont élus ou nommés pour une durée de trois ans renouvelable.
Le mandat des membres du conseil cesse lorsque ces derniers perdent la qualité au titre de laquelle ils ont été élus ou nommés.
En cas de vacance d'un siège, pour quelque cause que ce soit, six mois au moins avant le terme normal du mandat, les membres du conseil sont remplacés dans les mêmes conditions, pour la durée du mandat restant à courir.

Le directeur de l'agence est nommé par le ministre chargé de l'enseignement supérieur pour une durée de trois ans renouvelable.