Le secrétariat des première et troisième sections de la commission est assuré chacun en ce qui les concerne par le sous-directeur chargé de la protection du patrimoine, par le sous-directeur chargé des monuments historiques et par le sous-directeur chargé de l'archéologie.
Le secrétariat de la deuxième section est assuré par le sous-directeur chargé des espaces protégés.
Le secrétariat des quatrième et sixième sections est assuré chacun en ce qui les concerne par le sous-directeur chargé de la protection du patrimoine et par le sous-directeur chargé des monuments historiques.
Le secrétariat de la cinquième section est assuré par le sous-directeur chargé des monuments historiques.
Le secrétariat de la septième section est assuré par le sous-directeur chargé de l'archéologie.
Le secrétariat du comité des sections est assuré par le sous-directeur chargé de la protection du patrimoine.
Le règlement intérieur de la Commission supérieure des monuments historiques est fixé par arrêté du ministre chargé de la culture.