Le régime financier et comptable défini par les décrets du 10 décembre 1953 et du 29 décembre 1962 susvisés et par l'article 60 de la loi de finances n° 63-156 du 23 février 1963 relatif à la responsabiité des comptables publics est applicable à l'institut sous réserve des dispositions du présent titre.
L'établissement est soumis au contrôle financier de l'Etat prévu par le décret du 25 octobre 1935 susvisé. Les modalités particulières d'exercice de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint des ministres chargés de l'enseignement supérieur, de la santé et du budget.
L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'enseignement supérieur, de la santé et du budget.

Les recettes de l'institut comprennent :

• les subventions et fonds de concours de l'Etat, des collectivités publiques et de tout organisme public ou privé ;
• le produit des droits de scolarité, d'examen et de concours des étudiants inscrits directement à l'institut. En ce qui concerne les étudiants des universités signataires des conventions mentionnées à l'article 1er du présent décret, ces dernières fixent la répartition des produits des droits de scolarité entre les universités et l'institut ;
• les produits des conventions et contrats, en particulier les contrats de recherche ou d'études effectués pour le compte de tiers ;
• les revenus des biens, meubles et immeubles ;
• le produit des publications, de l'exploitation ou de la cession de brevets ;
• le produit des emprunts, des dons et legs ;
• les ressources provenant de ses activités de formation continue, des congrès et manifestations qu'il organise ;
• le produit des aliénations ;
• et, d'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses de l'institut comprennent les frais de personnels propres à l'établissement, les frais de fonctionnement, d'équipement et, d'une manière générale, toutes les dépenses nécessaires aux activités de l'institut.
Des régies de recettes et de dépenses peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret du 20 juillet 1992 susvisé.
L'établissement peut prendre des participations financières et créer des filiales dans les conditions prévues par le décret du 4 décembre 1985 susvisé.

Les projets de budget et de décisions modificatives sont communiqués pour approbation aux ministres chargés de l'enseignement supérieur, de la santé et du budget, quinze jours avant leur présentation au conseil d'administration.
Les délibérations à caractère budgétaire sont réputées approuvées si les ministres n'ont pas fait connaître leur refus de les approuver dans les quinze jours suivant la réception des procès-verbaux. En cas de refus, le conseil d'administration dispose d'un délai d'un mois pour délibérer à nouveau. A défaut de nouvelle délibération ou lorsque le budget n'est pas adopté en équilibre réel, il est arrêté par les ministres. Le budget doit être adopté au 1er mars et au plus tard dans le délai de deux mois à compter de la notification de la dotation allouée pour son fonctionnement. A défaut, il est arrêté par les ministres chargés de l'enseignement supérieur et de santé.

Les délibérations du conseil d'administration relatives à la prise de participations financières, à la création de filiales et aux emprunts sont soumises à l'approbation des ministres chargés de l'enseignement supérieur, de la santé et du budget.