Les projets de budget et de décisions modificatives sont communiqués pour approbation aux ministres chargés de l'enseignement supérieur, de la santé et du budget, quinze jours avant leur présentation au conseil d'administration.
Les délibérations à caractère budgétaire sont réputées approuvées si les ministres n'ont pas fait connaître leur refus de les approuver dans les quinze jours suivant la réception des procès-verbaux. En cas de refus, le conseil d'administration dispose d'un délai d'un mois pour délibérer à nouveau. A défaut de nouvelle délibération ou lorsque le budget n'est pas adopté en équilibre réel, il est arrêté par les ministres. Le budget doit être adopté au 1er mars et au plus tard dans le délai de deux mois à compter de la notification de la dotation allouée pour son fonctionnement. A défaut, il est arrêté par les ministres chargés de l'enseignement supérieur et de santé.