L'ordre du jour est fixé par le président au vu des propositions du directeur de l'établissement pour la commission locale et de chaque directeur d'établissement concerné pour la commission départementale.
Il comprend également, le cas échéant, les questions relevant de la compétence de la commission dont l'examen a été demandé dans le cadre du c et du d de l'article 49, ainsi que celles dont l'examen a été demandé directement par l'agent intéressé dans les cas prévus par un texte prévoyant une saisine directe de la commission, et notamment par les articles 41 (7°), 46, 65 et 87 du titre IV du statut général des fonctionnaires.