Le comité directeur se réunit au moins une fois par an sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour de la réunion.
Il ne peut valablement délibérer qui si au moins la moitié de ses membres sont présents.
Les délibérations du comité directeur du F.I.D.E.S. sont prises à la majorité absolue des membres présents ; en cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Un comité restreint, présidé par le directeur des affaires économiques, sociales et culturelles du ministère des départements et territoires d'outre-mer, statue, dans l'intervalle des réunions du comité directeur, par délégation de ce dernier.
Le comité directeur établit son règlement intérieur qui fixe notamment les modalités d'organisation de ses travaux, d'établissement et de communication des documents, d'exercice de sa compétence, de délégation de compétence au comité restreint dont il arrête la composition.