Un règlement intérieur, approuvé par arrêté du ministre chargé des pêches maritimes et des cultures marines, fixe les modalités de fonctionnement de l'assemblée et du conseil du comité national.
Le règlement prévoit la création de commissions de travail destinées à préparer les délibérations sur des questions particulières.
Ces commissions sont constituées majoritairement de membres des organes dirigeants du Comité national ou des comités régionaux.