Le président du centre définit la politique générale de l'établissement dans le cadre des orientations arrêtées par le conseil d'administration et assure la direction scientifique, administrative et financière du centre.
Il veille à l'équilibre entre les différentes disciplines.
Il fixe l'ordre du jour, prépare les délibérations du conseil d'administration et s'assure de leur exécution.
Il assure les relations du centre avec les partenaires socio-économiques ainsi qu'avec les établissements d'enseignement supérieur et de recherche, les organismes nationaux et étrangers et les organisations internationales intervenant dans ses domaines d'activité.
Il est ordonnateur principal des dépenses et des recettes. Il peut désigner des ordonnateurs secondaires qui peuvent déléguer leur signature.
Il gère le personnel.
Il représente le centre dans tous les actes de la vie civile et dans ses rapports avec les tiers. Il le représente en justice.
Il peut déléguer sa signature. Il peut déléguer une partie de ses pouvoirs aux directeurs généraux délégués, aux directeurs d'institut, aux délégués régionaux et à d'autres agents désignés pour exercer des fonctions de responsabilité administrative ou scientifique dans l'établissement ou dans une unité, un groupement ou un institut national commun avec d'autres organismes. Ces agents peuvent déléguer leur signature.

Les directeurs généraux délégués sont nommés par le président. L'un d'eux est choisi en raison de ses compétences scientifiques.

Les délégués régionaux assurent la représentation du centre et coordonnent ses activités dans leur circonscription. Ils sont nommés par le président.

Le centre est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, sous réserve des dispositions du décret n° 2002-252 du 22 février 2002 relatif au régime budgétaire, financier et comptable des établissements publics à caractère scientifique et technologique.

Des comptables secondaires peuvent être désignés par le président du centre après avis de l'agent comptable principal et avec l'agrément du ministre chargé du budget.