Dans le cadre de la politique scientifique du centre, chaque département scientifique anime et coordonne l'action d'un ensemble cohérent d'activités scientifiques relevant de plusieurs disciplines.

Les départements scientifiques sont créés par décision du président du centre, sur proposition du directeur général, après avis du conseil scientifique et approbation du conseil d'administration. Cette décision établit la liste des sections du comité national qui sont concernées par les activités de chaque département.