Chaque commission administrative élabore son règlement intérieur selon un règlement type établi après avis du conseil supérieur de la fonction publique de l'Etat. Le règlement intérieur de chaque commission doit être soumis à l'approbation du ministre intéressé ou de l'autorité auprès de laquelle la commission administrative paritaire est placée.
Le secrétariat est assuré par un représentant de l'administration qui peut n'être pas membre de la commission.
Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis, dans le délai d'un mois, aux membres de la commission. Ce procès-verbal est soumis à l'approbation des membres de la commission lors de la séance suivante.