L'agence est administrée par un conseil d'administration de vingt-trois membres.

Le conseil d'administration de l'agence comprend :
1° Sept représentants de l'Etat, nommément désignés respectivement par :

• le ministre chargé de l'environnement ;
• le ministre chargé de la construction ;
• le ministre chargé de la santé ;
• le ministre de l'intérieur ;
• le ministre chargé du trésor ;
• le ministre chargé du budget ;
• le ministre chargé de l'industrie.

Des représentants de l'Etat suppléants peuvent être désignés dans les mêmes conditions.
2° Sept maires, conseillers généraux ou conseillers régionaux, désignés par arrêté conjoint du ministre chargé de l'environnement et du ministre de l'intérieur ;
3° Sept personnalités qualifiées ou représentants d'associations ou de groupements intéressés, désignés par arrêté du ministre chargé de l'environnement ;
4° Deux représentants des salariés de l'agence élus dans les conditions prévues par le chapitre II du titre II de la loi n° 83-675 du 26 juillet 1983.

La durée du mandat des membres du conseil d'administration est de trois ans. Ce mandat est renouvelable.
Le mandat des membres désignés en raison des fonctions qu'ils exercent prend fin à l'expiration de celles-ci.
Tout membre désigné pour remplacer un membre du conseil exerce son mandat jusqu'au terme de la période de trois ans pour laquelle son prédécesseur avait été nommé.

Le président et le vice-président du conseil d'administration sont désignés pour trois ans par le ministre chargé de l'environnement parmi les membres du conseil.

Les membres du conseil d'administration bénéficient du remboursement des frais de déplacement ou de séjour effectivement supportés par eux dans l'exercice de leurs fonctions, dans les conditions et selon les taux fixés par arrêté conjoint du ministre chargé de l'environnement et du ministre chargé du budget.
Les représentants des salariés disposent chacun d'un crédit de quinze heures par mois pour l'exercice de leur mandat.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour. Celui-ci doit comprendre les questions soumises au conseil d'administration par le ministre chargé de l'environnement ou par le directeur de l'agence.
Le président est en outre tenu de convoquer le conseil si le ministre chargé de l'environnement, le directeur de l'agence ou la majorité de ses membres le demandent.
Le conseil ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres sont présents ou représentés, un membre du conseil ne pouvant représenter qu'un seul autre membre. Toutefois, si ce quorum n'est pas atteint, le conseil, à nouveau convoqué dans un délai n'excédant pas quinze jours et sur le même ordre du jour, peut valablement délibérer quel que soit le nombre des membres présents ou représentés.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Le directeur de l'agence, le contrôleur d'Etat et l'agent comptable participent aux séances du conseil avec voix consultative. Le directeur peut se faire assister de toute personne de son choix.

Le conseil d'administration arrête son règlement intérieur.
Il règle par ses délibérations les affaires de l'agence, notamment sur les objets suivants :
1° L'organisation générale de l'agence ;
2° Le programme général d'activités ;
3° L'état annuel des prévisions de recettes et de dépenses ;
4° Le rapport annuel d'activité et le compte financier ;
5° La fixation et l'affectation des résultats de l'exercice ;
6° Les prises, extensions ou cessions de participations financières ;
7° L'approbation des projets de construction, d'achat ou vente d'immeubles, constitutions d'hypothèques ou de droits réels, projets de baux et locations d'immeubles ;
8° Les conditions générales des contrats et conventions passés par l'agence et, le cas échéant, des subventions ou des prêts aux personnes publiques ou privées ;
9° L'attribution de subventions ou de prêts ;
10° L'acceptation ou le refus des dons et legs ;
11° Les emprunts ;
12° Les actions en justice ;
13° Les conditions générales de recrutement, d'emploi et de rémunération du personnel.
Le conseil d'administration peut déléguer au directeur de l'agence les attributions relatives aux matières prévues aux 1°, 9°, 10° et 12° ci-dessus.

Les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires par elles-mêmes sauf si le ministre chargé de l'environnement y fait opposition dans le délai de trente jours à compter de leur réception.
Lorsqu'elles portent sur l'état annuel des prévisions de recettes et de dépenses, le compte financier et les conditions générales de rémunération du personnel, elles ne sont exécutoires qu'après avoir été approuvées par le ministre chargé de l'environnement et par le ministre chargé du budget.
Lorsqu'elles portent sur les conditions générales d'attribution de subventions et de prêts et les emprunts, elles ne sont exécutoires qu'après avoir été approuvées par le ministre chargé de l'environnement, par le ministre chargé du budget et par le ministre chargé de l'économie.
Les prises, extensions ou cessions de participations financières sont approuvées par arrêté conjoint du ministre chargé de l'environnement, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'économie.
A défaut de réponse dans le délai de deux mois à compter de la réception de la délibération, celle-ci est réputée approuvée. Toutefois, pour les questions relatives à la rémunération du personnel, ce délai court à partir de la date de réunion de la commission interministérielle de coordination des salaires.
Les décisions faisant opposition à une délibération ou refusant de l'approuver en exécution du présent article sont motivées.

Le directeur de l'agence est nommé par décret sur proposition du ministre chargé de l'environnement. La durée de son mandat est de trois ans. Ce mandat est renouvelable.

Le directeur gère l'agence. A cet effet, il est investi des pouvoirs les plus étendus pour agir au nom de l'agence, sous réserve des délibérations prévues à l'article 9 ; en particulier :

• il représente l'agence dans tous les actes de la vie civile et en justice ; il est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
• il assure le fonctionnement de l'ensemble des services et la gestion du personnel de l'agence ;
• il assiste le président dans la préparation des délibérations du conseil d'administration et assure leur exécution ;
• il rend compte au conseil de cette exécution ;
• il a autorité sur l'ensemble du personnel de l'agence.