Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour. Celui-ci doit comprendre les questions soumises au conseil d'administration par le ministre chargé de l'environnement ou par le directeur de l'agence.
Le président est en outre tenu de convoquer le conseil si le ministre chargé de l'environnement, le directeur de l'agence ou la majorité de ses membres le demandent.
Le conseil ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres sont présents ou représentés, un membre du conseil ne pouvant représenter qu'un seul autre membre. Toutefois, si ce quorum n'est pas atteint, le conseil, à nouveau convoqué dans un délai n'excédant pas quinze jours et sur le même ordre du jour, peut valablement délibérer quel que soit le nombre des membres présents ou représentés.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Le directeur de l'agence, le contrôleur d'Etat et l'agent comptable participent aux séances du conseil avec voix consultative. Le directeur peut se faire assister de toute personne de son choix.