Le haut fonctionnaire de défense est le conseiller du ministre pour toutes les questions relatives aux mesures de défense qui incombent à celui-ci en application de l'ordonnance du 7 janvier 1959. Il anime et coordonne la préparation de ces mesures et contrôle leur exécution.

Dans le cadre de ces fonctions :

Il veille à l'élaboration et, le cas échéant, à la mise en oeuvre des plans de défense intéressant le département ;

Il a vocation à représenter le ministre dans les commissions et réunions traitant des questions de défense ;

Il est en liaison permanente avec le secrétaire général de la défense nationale ;

Il est responsable de l'application des dispositions relatives à la sécurité de défense et à la protection du secret ainsi qu'à la sécurité des systèmes d'information ;

Il est tenu informé de toutes les questions pouvant avoir une incidence en matière de défense au sein de son département.