Le musée national de la marine est soumis au contrôle financier institué par le décret du 25 octobre 1935 susvisé. Un contrôleur financier placé sous l'autorité du ministre de l'économie et des finances exerce le contrôle du fonctionnement financier de l'établissement. Ses attributions sont fixées par arrêté du ministre chargé de la défense nationale et du ministre de l'économie et des finances.