Tout projet d'institution ou de modification des droits de port est, à l'initiative du conseil d'administration, instruit par le directeur du port qui recueille l'avis de la commission permanente d'enquête prévue à l'article 10 ci-après et celui des Voies navigables de France.
Ces organismes doivent faire parvenir leur avis dans le délai d'un mois à compter du jour où ils y ont été invités. Passé ce délai, les avis non fournis sont réputés favorables.
Le directeur du port transmet ensuite le projet adopté par le conseil d'administration au ministre de l'équipement et du logement qui statue.

Il est créé au port autonome de Paris une commission permanente d'enquête composée de neuf membres et constituée comme suit :
Trois membres du conseil d'administration du port autonome ;
Six membres n'appartenant pas au conseil d'administration du port autonome et représentant les usagers, dont trois membres choisis parmi les principales entreprises industrielles, commerciales et agricoles de la région desservie par le port et trois membres choisis parmi les entreprises de navigation, les concessionnaires d'outillages publics, les entreprises de manutention, d'entrepôt, de transit et de courtage.
Les membres de la commission permanente d'enquête sont nommés pour deux ans par le préfet de la région parisienne.
En cas de décès ou de démission de l'un des membres, le préfet de la région parisienne nomme un remplaçant pour la durée du mandat restant à courir.
La première séance de la commission a lieu sur convocation du préfet de la région parisienne. Au cours de cette séance, la commission élit son président.
Les séances suivantes ont lieu sur convocation du président, à la demande, notamment, du directeur du port autonome. Le préfet de la région parisienne et le directeur du port autonome de Paris ou leurs représentants assistent de droit aux séances de la commission.
La commission permanente d'enquête ne peut délibérer valablement que si les deux tiers de ses membres sont présents ou ont délégué leur voix. Les délibérations sont prises à la majorité des voix. En cas de partage, la voix du président est prépondérante.
Les fonctions de membres de la commission permanente d'enquête sont gratuites. Toutefois, les membres ont droit au remboursement des frais que nécessite l'exécution de leur mandat, dans les conditions fixées par décision conjointe du ministre de l'équipement et du logement et du ministre de l'économie et des finances. Ces frais sont à la charge du port autonome.