La composition des conseils supérieurs, leur compétence ainsi que celle de leurs diverses formations (sections, commissions permanentes, etc.) sont déterminées par le présent décret. Des arrêtés ministériels ou interministériels complémentaires peuvent prévoir la constitution, à l'intérieur d'un conseil, de nouvelles formations (commissions permanentes, sections, sous-sections) à qui le conseil ou une des formations déjà existantes peut, sauf le cas où l'avis ou la proposition demandé doit obligatoirement émaner d'une des formations constituées par le présent décret, donner délégation pour émettre un avis ou faire des propositions en son lieu et place.
Plusieurs formations d'un même conseil ou de conseils différents peuvent, sur décision du ministre de l'agriculture, ou avec l'accord de l'administration à la diligence de leurs présidents, se réunir en vue de l'examen de problèmes communs.

Les conseils supérieurs ainsi que leurs commissions permanentes sont présidés par le ministre de l'agriculture. Le ministre nomme un ou deux vice-présidents. Sauf dispositions contraires particulières à un conseil et à moins qu'elle ne soit assumée par le ministre lui-même ou un vice-président, la présidence des autres formations est assumée par les membres des conseils désignés à cet effet, après consultation le cas échéant de la formation intéressée, par le ministre de l'agriculture.

Les membres des conseils supérieurs autres que ceux représentant l'administration ou désignés ès qualités sont nommés pour trois ans par arrêté du ministre de l'agriculture. La durée des fonctions des membres d'un conseil peut, par mesure générale, être prolongée d'un an par arrêté du ministre de l'agriculture.
Les membres représentant les administrations et les membres de droit peuvent se faire représenter. Les autres membres à l'exception de ceux désignés en raison de leur personnalité propre, sont pourvus de suppléants.
Le membre d'un conseil qui perd la qualité au titre de laquelle il a été désigné est remplacé.
Lorsqu'il est pourvu au remplacement d'un membre démissionnaire ou décédé, le mandat du nouveau membre expire en même temps que celui des autres membres.

Les administrations qui ne sont pas représentées dans un conseil ou dans une formation de celui-ci peuvent demander à suivre avec voix consultative les travaux de ce conseil ou de cette formation.
Le ministre chargé des départements d'outre-mer peut se faire représenter dans tous les conseils.
Le président du comité des investissements agricoles a accès, par lui-même ou par un représentant, à tous les conseils.

L'ordre du jour des réunions des conseils supérieurs et de leurs diverses formations est arrêté par le ministre de l'agriculture ou, avec l'accord de celui-ci, par le président de la formation.
Sous réserve que ses membres aient été régulièrement convoqués, chaque conseil ou chaque formation d'un conseil délibère valablement sur l'ordre du jour, quel que soit le nombre des membres présents. Dans le cas de vote et de partage des voix en nombre égal, le président a voix prépondérante.
Les secrétariats sont assurés par la direction générale compétente du ministère de l'agriculture. Les procès-verbaux sont rédigés par le secrétariat et signés par le président de séance.
Les secrétariats doivent assurer l'information des membres du conseil sur les problèmes de la compétence de celui-ci et notamment sur les actions concertées dans le cadre de la communauté économique européenne.

Les questions soumises à un conseil supérieur sont portées à l'ordre du jour envoyé à ses membres. A moins que le président ne décide explicitement le contraire, elles font l'objet de rapports écrits, distribués avant la séance au cours de laquelle elles sont examinées.
Les rapports peuvent être présentés soit par les membres du conseil, soit par des personnalités extérieures à celui-ci désignées, avec l'accord du directeur général compétent, par le président de la formation, soit par des personnalités figurant sur des listes dressées, pour chaque conseil, par arrêté du ministre de l'agriculture et choisies parmi les fonctionnaires de l'administration centrale ou des services déconcentrés des ministères intéressés et les membres des grands corps de l'Etat.
Les rapporteurs sont désignés par le président de la formation.
Des commissions ou des groupes de travail comprenant des membres d'un conseil et des personnes étrangères à celui-ci peuvent être constitués par le ministre ou, avec l'accord du directeur général compétent, par le président de la formation, et être chargés de l'étude de questions déterminées.

Le ministre de l'agriculture et les présidents des diverses formations peuvent faire participer, mais avec voix consultative seulement, aux délibérations d'un conseil ou d'une de ses formations toute personne dont le concours paraît utile aux travaux de ce conseil ou de cette formation.
Les fonctionnaires du ministère de l'agriculture dans les attributions de qui rentrent les questions soumises à un conseil ou à une de ses formations ont accès à ce conseil ou à cette formation avec voix consultative.

Des arrêtés du ministre de l'agriculture concertés, le cas échéant, avec les autres ministres dont l'intervention serait nécessaire en vertu de dispositions législatives ou réglementaires, déterminent en tant que de besoin les modalités d'organisation et de fonctionnement de chaque conseil. Ils précisent les conditions dans lesquelles certains conseils ou certaines de leurs formations doivent, le cas échéant, être réunis à la demande d'une proportion déterminée de leurs membres.