La comptabilité générale et la comptabilité analytique d'exploitation sont tenues par l'agent comptable dans les conditions définies par le ministre de l'économie et des finances qui approuve par arrêté pris après avis du conseil national de la comptabilité le plan comptable de l'office.
Ce plan comptable comporte la liste des comptes et précise les règles de fonctionnement de chacun d'eux. Il détermine les limites entre lesquelles peuvent être fixés, avec l'accord du ministre des transports et du ministre de l'économie et des finances, les taux d'amortissement.
Avec l'accord du ministre de l'économie et des finances, la tenue de certaines parties de la comptabilité analytique d'exploitation peut être confiée, sous le contrôle de l'agent comptable, aux services techniques de l'office.
L'agent comptable adresse mensuellement copie de ses balances au directeur et au contrôleur d'Etat ainsi que semestriellement au ministre de l'économie et des finances.

Le conseil d'administration peut, après avis de l'agent comptable; apporter à la liste des comptes les modifications exigées par les besoins de l'exploitation, sous réserve de respecter la structure générale du plan comptable général, ainsi que les principes directeurs du plan comptable visé à l'article précédent, et de prendre, le cas échéant, les dispositions nécessaires en vue de permettre toutes comparaisons utiles entre exercices successifs.
Le directeur fait connaître au ministre de l'économie et des finances les modifications ainsi effectuées. Le ministre de l'économie et des finances dispose d'un délai de un mois pour s'y opposer ; il peut, dans le même délai, n'admettre leur application qu'à titre provisoire jusqu'à ce que le conseil national de la comptabilité ait formulé son avis.