L'Office national de la navigation est administré par un conseil.
Un commissaire du gouvernement est nommé par arrêté du ministre chargé des transports. Il peut, en cas d'absence ou d'empêchement, se faire représenter au séance du conseil d'administration.
Le commissaire du gouvernement peut à tout moment se faire communiquer tous documents, pièces ou archives et procéder ou faire procéder à toutes vérifications.
L'Office est soumis au contrôle économique et financier de l'Etat.

Le président du conseil d'administration prépare avec le concours du directeur les délibérations du conseil dont il arrête l'ordre du jour.
Il présente chaque année au conseil le rapport d'activité de l'office et des bureaux d'affrètement.

Le directeur de l'office est nommé par décret pris sur le rapport du ministre chargé des transports après consultation du conseil d'administration.
Il est responsable de la bonne marche de l'office, dont il dirige et organise les services.
Il prépare l'état prévisionnel de ses recettes et de ses dépenses et est ordonnateur de celles-ci.
Il recrute ses agents et met fin à leurs fonctions.
Il le représente en justice et dans tous les actes de la vie civile.
Il prépare le rapport annuel sur l'activité de l'office et des bureaux d'affrètement en vue de sa présentation au conseil d'administration.
Il assure l'exécution des décisions du conseil d'administration.
Il peut déléguer sa signature.