Lorsque le fonctionnaire stagiaire de l'Etat ou hospitalier, n'ayant pas par ailleurs la qualité de fonctionnaire titulaire dans un autre corps ou cadre d'emplois, bénéficie d'un congé de maladie attribué au titre de l'article L. 822-4 ou d'un congé pour invalidité temporaire imputable au service, la durée de ce congé est limitée à cinq ans.

Le fonctionnaire stagiaire qui est inapte à reprendre ses fonctions à l'expiration d'un congé pour raison de santé ou, lorsqu'il est fonctionnaire stagiaire territorial à temps non complet, à l'issue du congé de grave maladie prévu à l'article 36 du décret n° 91-298 du 20 mars 1991 portant dispositions statutaires applicables aux fonctionnaires territoriaux nommés dans des emplois permanents à temps non complet, est placé en congé sans traitement pour une période maximale d'un an renouvelable deux fois.
La mise en congé et son renouvellement sont prononcés après avis du conseil médical prévu, selon le cas, par :
1° Le décret n° 86-442 du 14 mars 1986 relatif à la désignation des médecins agréés, à l'organisation des conseils médicaux, aux conditions d'aptitude physique pour l'admission aux emplois publics et au régime de congés de maladie des fonctionnaires ;
2° Le décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 relatif à l'organisation des conseils médicaux, aux conditions d'aptitude physique et au régime des congés de maladie des fonctionnaires territoriaux ;
3° Le décret n° 88-386 du 19 avril 1988 relatif aux conditions d'aptitude physique et aux congés de maladie des agents de la fonction publique hospitalière.

Le congé sans traitement mentionné au premier alinéa de l'article R. 327-37, accordé au fonctionnaire stagiaire hospitalier, peut être renouvelé une troisième fois dans le cas où le conseil médical estime que le stagiaire sera apte à reprendre ses fonctions au cours de la quatrième année.

Lorsqu'à l'expiration des droits à congé avec traitement ou d'une période de congé sans traitement accordés pour raison de santé, le fonctionnaire stagiaire est reconnu par le conseil médical dans l'impossibilité définitive et absolue de reprendre ses fonctions, il est licencié.
Si l'intéressé a, par ailleurs, la qualité de fonctionnaire titulaire dans un autre corps, cadre d'emplois ou emploi, il est mis fin à son détachement.

Le conseil médical appelé à donner un avis en application des dispositions du présent paragraphe est celui qui serait compétent si le stagiaire intéressé avait la qualité de fonctionnaire titulaire.

Le fonctionnaire stagiaire peut être autorisé à accomplir un service à temps partiel pour raison thérapeutique dans les mêmes conditions que les fonctionnaires titulaires sauf lorsque le stage comporte un enseignement professionnel ou doit être accompli dans un établissement de formation.