Le médecin militaire peut être amené, dans les conditions fixées par l'article R. 4138-3 du code de la défense, à procéder au contrôle médical d'un militaire placé en congé de maladie pour s'assurer que ce congé est justifié.
Lorsqu'il agit en qualité de médecin contrôleur, il ne s'immisce pas dans le traitement prescrit par le médecin traitant. S'il se trouve en désaccord avec lui sur le diagnostic, la thérapeutique, le pronostic ou s'il lui apparaît qu'un élément important et utile à la conduite du traitement semble avoir échappé à son confrère, il le lui signale personnellement et s'abstient dans ses commentaires de tout jugement de valeur.

Le médecin militaire, lorsqu'il est investi d'une mission de contrôle, informe le militaire qu'il examine de sa mission et du cadre juridique dans lequel elle s'exerce.
Il est très circonspect dans ses propos, s'interdit toute révélation ou commentaire. Il est parfaitement objectif dans ses conclusions et les fournit à l'autorité qui l'a mandaté sans indiquer les raisons d'ordre médical qui les motivent.