La taxe est acquittée par virement au poste comptable assignataire de la direction générale des douanes et des droits indirects déterminé par arrêté du ministre chargé du budget en fonction de l'espace naturel protégé considéré.

Pour chaque espace naturel protégé, le poste comptable assignataire mentionné à l'article D. 423-25 est celui désigné par l'annexe I de l'arrêté du 11 mars 2022 fixant le tarif et les modalités d'application de la taxe sur le transport maritime de passagers à destination d'espaces naturels protégés prévue par les articles L. 423-47 à L. 423-56 du code des impositions sur les biens et services.