Le secrétaire perpétuel est élu par les seuls membres de l'assemblée, pour un mandat de six ans, renouvelable sans limite.
Deux mois avant le terme de son mandat, le secrétaire perpétuel en exercice doit informer le bureau de sa volonté :

- s'il souhaite poursuivre ses fonctions, le bureau en informe l'assemblée. Il n'y a alors pas de vacance de la fonction et l'élection doit se tenir dans le dernier mois du mandat qui s'achève, dans les conditions décrites ci-dessous ;
- si, en revanche, le secrétaire perpétuel en exercice ne souhaite pas poursuivre ses fonctions et se présenter pour un nouveau mandat de six ans, il doit en informer le bureau. L'élection se tient alors dans le dernier mois du mandat qui s'achève, dans les conditions décrites ci-dessous. Le secrétaire perpétuel reste en fonctions jusqu'à l'élection de son successeur.

Un mois avant le terme du mandat du secrétaire perpétuel, le président de l'Académie informe l'assemblée de la liste des candidatures reçues avant l'ouverture de la séance dédiée à l'élection. Nul ne peut faire acte de candidature s'il n'a pas été élu depuis au moins deux ans et officiellement installé dans les conditions prévues à l'article 9 des présents statuts.
Il est procédé à l'élection du secrétaire perpétuel quinze jours après l'annonce de la liste des candidatures.
Le quorum est fixé aux trois cinquièmes des membres de l'assemblée en exercice.
Si le quorum n'est pas réuni, l'élection est reportée à huitaine, dans les mêmes conditions. Il en est de même si la majorité absolue n'a pas été acquise après cinq tours de scrutin.
Le vote a lieu à la majorité absolue des suffrages exprimés, par vote à bulletin secret. Pour le calcul de la majorité, sont considérés comme suffrages exprimés, d'une part, les bulletins portant le nom de l'un des candidats proposés, et, d'autre part, ceux mentionnant une croix.
Ne sont pas considérés comme suffrages exprimés les bulletins blancs et les bulletins portant tout autre signe qu'une croix, ou même un autre nom que celui de l'un des candidats.
L'élection du secrétaire perpétuel est approuvée par décret du Président de la République.
En cas d'empêchement temporaire, l'intérim du secrétaire perpétuel est assuré par le vice-président ou, à défaut de celui-ci, par le plus anciennement élu des membres de la commission administrative de l'Académie.
En cas d'empêchement définitif du secrétaire perpétuel, le bureau de l'Académie engage la procédure de succession. Jusqu'à cette élection, l'intérim est assuré dans les conditions prévues ci-dessus.

Pour l'exercice de ses fonctions, le secrétaire perpétuel perçoit, outre les indemnités académiques mensuelles prévues pour les membres et pour les secrétaires perpétuels par décret, une indemnité mensuelle et une indemnité trimestrielle de représentation dans les conditions prévues par la commission administrative de l'Académie des beaux-arts.

Si la moitié au moins des membres en exercice, représentant chacune des sections de l'Académie des beaux-arts, le demandent, le bureau est tenu d'inscrire le vote d'une motion de défiance du secrétaire perpétuel à l'ordre du jour de la prochaine séance.
Le quorum est fixé aux trois cinquièmes des membres en exercice.
Si le quorum n'est pas réuni, le vote est reporté à huitaine, dans les mêmes conditions. Si le quorum n'est de nouveau pas réuni à la séance suivante, la motion de défiance est considérée comme rejetée. Aucune nouvelle motion de défiance ne peut être présentée dans le délai de trois mois.
Cette motion de défiance, si elle est adoptée par les trois cinquièmes au moins des membres en exercice, provoque la démission de fait du secrétaire perpétuel en exercice. La vacance est déclarée séance tenante et l'élection d'un nouveau secrétaire perpétuel se déroule dans les conditions prévues à l'article 36 des présents statuts.

Le secrétaire perpétuel propose, en accord avec le bureau, les programmes d'activités répondant à la vocation de l'Académie des beaux-arts, telle qu'elle est définie à l'article 2 des présents statuts.
Le secrétaire perpétuel instruit les sujets examinés dans les séances de l'assemblée et procède à l'exécution des décisions de celle-ci. Il tient note des lectures, rapports ou discours qui y sont faits, et dresse procès-verbal des séances. Après lecture en séance et approbation par l'assemblée, le procès-verbal est consigné dans un registre.
Conformément aux dispositions générales sur la comptabilité des fondations et l'administration financière de l'Institut de France, le secrétaire perpétuel exécute le budget de l'Académie des beaux-arts. A cet effet, il est chargé de le préparer et de le soumettre à la commission administrative.
Le document de synthèse de la gestion du portefeuille de l'Académie des beaux-arts, présenté par le directeur des services financiers avec l'accord du secrétaire perpétuel, est joint au relevé de décisions.
Le secrétaire perpétuel est l'administrateur de l'Académie des beaux-arts et des fondations. Il en est l'ordonnateur des recettes et des dépenses. Il peut désigner des ordonnateurs secondaires.
Le secrétaire perpétuel est le représentant légal de l'Académie des beaux-arts.
Il dirige les services de l'Académie des beaux-arts, recrute son personnel sur approbation de la commission administrative, et met fin à leurs fonctions. Il en est le supérieur hiérarchique in fine.
Il représente l'Académie des beaux-arts en justice et dans tous les actes de la vie civile. Il signe les contrats et autres actes de l'Académie des beaux-arts, sur approbation de la commission administrative.
Au cours du premier trimestre de chaque année, le secrétaire perpétuel présente à l'assemblée un rapport moral sur l'année écoulée qui, après approbation par celle-ci, est annexé au procès-verbal.
Au plus tard à la fin du mois de juin, le secrétaire perpétuel présente à l'assemblée un rapport financier sur l'année précédente, qui, après approbation par celle-ci, est annexé au procès-verbal.
Le secrétaire perpétuel est seul mandaté pour entretenir toute correspondance avec l'ensemble des instances gouvernementales et toute assemblée parlementaire ou territoriale.
Le secrétaire perpétuel est chargé des relations avec la presse.
Il est responsable de toutes les publications de l'Académie des beaux-arts.

Un secrétaire perpétuel qui cesse ses fonctions après douze années de mandat au moins devient secrétaire perpétuel honoraire. Sur proposition de la commission administrative qui en décide le montant, ce titre peut donner lieu au versement d'une indemnité.