Le comité scientifique est chargé de l'évaluation de l'expérimentation dans les conditions prévues au IV de l'article 9 de la loi du 14 décembre 2020 susvisée. Il analyse les conditions dans lesquelles l'expérimentation peut être prolongée, étendue ou pérennisée.
Il est composé de personnalités reconnues pour leurs compétences académiques et de représentants des services des études et des statistiques des personnes publiques intéressées, qui sont désignés par arrêté du ministre chargé de l'emploi.
Il a accès aux documents comptables et financiers de gestion du fonds qui sont nécessaires à l'évaluation.

Le comité scientifique procède notamment à une analyse du rapport entre les coûts et les bénéfices de l'expérimentation, dont il compare les résultats à ceux des structures d'insertion par l'activité économique, en application du IV de l'article 9 de la loi du 14 décembre 2020 susvisée.
L'évaluation mesure les effets de l'expérimentation sur la situation globale des territoires en matière d'emploi, de qualité de vie, d'inégalités et de développement durable.
Le comité scientifique utilise à cette fin tous les instruments d'observation adaptés, de nature quantitative ou qualitative.