Le régime financier et comptable de l'établissement public est fixé par les titres Ier et III du décret du 7 novembre 2012 susvisé, à l'exclusion des articles 224 à 226.
L'établissement public est assujetti au contrôle budgétaire a posteriori institué à l'article L. 719-9 du code de l'éducation dans les conditions fixées par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur, de la recherche et du budget.