Le régime financier et comptable de l'établissement public est fixé par les titres Ier et III du décret du 7 novembre 2012 susvisé, à l'exclusion des articles 224 à 226.
L'établissement public est assujetti au contrôle budgétaire a posteriori institué à l'article L. 719-9 du code de l'éducation dans les conditions fixées par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur, de la recherche et du budget.

Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret du 7 novembre 2012 susvisé.
Les délibérations du conseil d'administration autres que celles mentionnées à l'alinéa précédent sont exécutoires quinze jours après leur réception par le recteur de l'académie de Paris, recteur de la région académique Ile-de-France, chancelier des universités, si celui-ci n'y fait pas opposition dans ce délai. En cas d'urgence, ce dernier peut en autoriser l'exécution immédiate.

L'agent comptable de l'établissement public est nommé, sur proposition de son président, par arrêté conjoint des ministres chargés de l'enseignement supérieur, de la recherche et du budget.

Les ressources de l'établissement public sont définies à l'article L. 345-5 du code de la recherche.