Il est créé auprès du Premier ministre une conférence nationale de l'administration territoriale de l'Etat. Présidée par le secrétaire général du Gouvernement, elle réunit les préfets de région, les secrétaires généraux des ministères, ainsi qu'un recteur de région académique, un directeur régional des finances publiques et un directeur général d'agence régionale de santé.
Elle comprend également deux représentants du Premier ministre, un représentant du ministre de l'intérieur, un représentant du ministre chargé du budget, un représentant du ministre chargé de la fonction publique, un représentant du ministre chargé de la réforme de l'Etat, un représentant du ministre chargé des collectivités territoriales et un représentant du ministre chargé des outre-mer.

La conférence nationale de l'administration territoriale de l'Etat veille à la bonne articulation des relations entre les administrations centrales et les services déconcentrés et au respect des principes de déconcentration fixés par le présent décret. Elle peut proposer au Premier ministre tout projet de modification législative ou réglementaire nécessaire à la modernisation et à l'efficacité de l'administration territoriale de l'Etat.
Elle s'assure de la cohérence entre elles des directives nationales d'orientation élaborées par les administrations centrales à l'attention des services déconcentrés, et veille à la hiérarchisation des modalités des comptes rendus demandés aux services déconcentrés.
Elle établit chaque année un rapport de présentation de l'ensemble des actions conduites par les préfets de région et les secrétaires généraux des ministères en vue de simplifier l'action des services des administrations civiles de l'Etat placés sous leur autorité, rationaliser leur organisation dans un objectif d'adaptation aux spécificités locales et favoriser leur accessibilité au public. Elle tient notamment compte du bilan annuel réalisé par les préfets de région ayant mis en œuvre le dispositif prévu à l'article 16. Ce rapport est remis au Premier ministre et est rendu public.
La conférence nationale de l'administration territoriale de l'Etat est consultée sur les propositions d'expérimentations formulées par les préfets.
Elle est consultée sur les propositions de regroupements de programmes budgétaires dont l'exécution est en tout ou partie déconcentrée formulées par les administrations centrales et les préfets de région pour la préparation du projet de loi de finances. Les secrétaires généraux des ministères lui rendent compte des suites données à ces propositions.