Jusqu'à l'élection du président de l'Université de Bordeaux dans les conditions prévues à l'article L. 712-2 du code de l'éducation, la présidence de l'établissement est assurée par un administrateur provisoire nommé par le recteur de l'académie de Bordeaux, chancelier des universités. L'administrateur provisoire exerce les compétences attribuées au président d'université par le même article.
Il convoque et préside l'assemblée constitutive provisoire et organise avant le 31 décembre 2013 les élections aux différents conseils de l'établissement. Sont électeurs et éligibles, dans les conditions fixées par les articles D. 719-2 à D. 719-40 du code de l'éducation, les personnels et les usagers des universités Bordeaux-I, Bordeaux-II et Bordeaux-IV.