L'école est dirigée par un directeur assisté de deux directeurs adjoints et de deux directeurs des études et du directeur de la bibliothèque.
Le conseil d'administration par ses délibérations assure l'administration de l'école.
Le conseil scientifique, par ses avis et orientations, participe à l'administration de l'école.
L'école comprend des départements d'enseignement et de recherche ainsi que des laboratoires de recherche, des services et des instituts.

Le directeur est nommé pour un mandat d'une durée de cinq ans immédiatement renouvelable une fois, par décret du Président de la République pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après appel de candidatures publié au Journal officiel de la République française.

Il est choisi parmi les professeurs des universités ou personnel assimilé au sens de l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé.

Chaque candidat à la fonction de directeur présente à l'appui de sa candidature un projet pour l'établissement.

Le ministre chargé de l'enseignement supérieur demande à une commission qu'il a constituée un avis motivé sur les candidatures qu'il a retenues. Cette commission comprend de seize à vingt membres nommés par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur. Elle est composée du secrétaire perpétuel de l'Académie française, du secrétaire perpétuel de l'Académie des inscriptions et belles-lettres, des secrétaires perpétuels de l'Académie des sciences, du secrétaire perpétuel de l'Académie des sciences morales et politiques, de trois dirigeants de grands organismes de recherche, du président de la Bibliothèque nationale de France, de deux professeurs du Collège de France, du président du conseil d'administration de l'école, du président du conseil scientifique de l'école et de personnalités scientifiques françaises et étrangères choisies en raison de leur compétence dans les disciplines correspondant aux missions de l'école.

La commission prend l'avis du président de l'Université PSL.

Les fonctions de directeur sont incompatibles avec l'exercice, au sein de l'école, de fonctions électives au conseil d'administration et au conseil scientifique et de fonctions de directeur de département d'enseignement et de recherche, de laboratoire de recherche, de service et d'institut.

Le directeur de l'école exerce les attributions confiées au président d'université par l'article L. 712-2 du code de l'éducation et les textes pris pour son application, à l'exception de la présidence du conseil d'administration, et du 10°.
Il anime et coordonne la réflexion conduisant à la définition de la politique générale de l'établissement.
Il représente l'école en France et à l'étranger et négocie les partenariats.
Il nomme également les membres des jurys.
Le directeur de l'école peut déléguer sa signature aux directeurs adjoints, au directeur général des services, aux directeurs des études, au directeur de la bibliothèque, aux autres agents de catégorie A de l'école ainsi que, pour les affaires concernant les départements d'enseignement et de recherche, les laboratoires de recherche, les services, les instituts mentionnés à l'article 4, et les unités de recherche constituées avec d'autres organismes d'enseignement supérieur ou de recherche, à leurs responsables.

Le directeur de l'école nomme, selon des modalités fixées par le règlement intérieur :
― un directeur adjoint lettres et sciences humaines et sociales ;
― un directeur adjoint sciences ;
― deux directeurs des études, l'un dans les disciplines littéraires et des sciences humaines et sociales, l'autre dans les disciplines scientifiques ;
― le directeur de la bibliothèque.

Le conseil d'administration comprend vingt-six membres :

1° Treize membres élus répartis comme suit :

a) Trois représentants des professeurs des universités et personnels assimilés au sens de l'article D. 719-4 du code de l'éducation ;

b) Trois représentants des autres catégories de personnels d'enseignement et de recherche ;

c) Trois représentants des élèves ;

d) Un représentant des étudiants inscrits en doctorat ;

e) Un représentant des autres étudiants ;

f) Deux représentants des personnels de bibliothèque, ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, de service et de santé ;

2° Treize personnalités extérieures à l'établissement désignées par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, sur proposition du directeur de l'école.

Le conseil d'administration élit son président parmi les personnalités mentionnées au 2°, pour un mandat de cinq ans renouvelable une fois. Les fonctions de président du conseil d'administration sont incompatibles avec la présidence du conseil scientifique. En cas de partage égal des voix, il a voix prépondérante.

Le directeur de l'école et les directeurs adjoints ainsi que le président de l'Université PSL assistent au conseil d'administration avec voix consultative.

Le conseil d'administration exerce les attributions confiées au conseil d'administration des universités par le IV de l'article L. 712-3 du code de l'éducation, à l'exclusion des 8° et 9°. Le budget est élaboré dans le respect de la coordination budgétaire et des ressources humaines prévue à l'article 15 des statuts de l'Université PSL.

Il peut déléguer certaines de ses compétences au directeur de l'école dans les conditions fixées par cet article.

Il délibère sur les règles relatives aux examens, sur la création ou la suppression des départements d'enseignement et de recherche, des laboratoires de recherche, des services et des instituts ainsi que sur toute question que lui soumet le directeur.

Il adopte le règlement intérieur de l'école, dans les conditions de l'article L. 711-7 du code de l'éducation.

Il peut créer des commissions spécialisées.

Le conseil scientifique comprend au maximum vingt-cinq membres.
Il est composé, suivant les modalités fixées à l'article 15 :
1° D'au maximum cinq responsables de l'école, dont le directeur de l'école, les directeurs adjoints et le directeur de la bibliothèque ;
2° Pour au moins un tiers de son effectif, de représentants élus des personnels d'enseignement et de recherche, des ingénieurs d'études ou de recherche, des élèves, des étudiants inscrits en doctorat et des autres étudiants. Au moins deux doivent être des représentants élus des professeurs d'université et personnels assimilés au sens de l'article D. 719-4 du code de l'éducation et au moins deux des représentants élus des autres personnels d'enseignement et de recherche ;
3° De personnalités extérieures à l'établissement désignées par le ministre chargé de l'enseignement supérieur sur proposition du directeur de l'école.
Le conseil scientifique élit son président parmi les personnalités mentionnées au 3° pour un mandat de cinq ans renouvelable une fois.

Le conseil scientifique assure la liaison entre l'enseignement et la recherche.
Il est consulté sur les orientations des politiques de recherche, de documentation scientifique et technique ainsi que sur la répartition des crédits de recherche.
Le conseil est en outre consulté sur les demandes d'habilitation et d'accréditation.
Il est également consulté sur les conventions avec les organismes de recherche, le bilan des activités de recherche des laboratoires et des actions de valorisation et de diffusion de la culture et de l'information scientifique et technique.
Il procède à l'évaluation pédagogique et scientifique des activités de l'établissement en s'appuyant sur des évaluations institutionnelles extérieures, françaises et internationales, notamment celle du Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur.
Dans le respect des dispositions statutaires applicables aux enseignants-chercheurs, le conseil scientifique en formation restreinte aux enseignants-chercheurs donne un avis sur les mutations des enseignants-chercheurs, sur l'intégration des fonctionnaires des autres corps dans le corps des enseignants-chercheurs, sur la titularisation des maîtres de conférences stagiaires et sur le recrutement ou le renouvellement des attachés temporaires d'enseignement et de recherche.

Nul ne peut être simultanément membre du conseil d'administration et du conseil scientifique.
La durée du mandat des membres des conseils est de cinq ans renouvelable une fois, à l'exception des représentants des élèves et des étudiants, dont le mandat est de deux ans renouvelable. Le mandat des membres des conseils prend fin lorsqu'ils ont perdu la qualité au titre de laquelle ils ont été élus ou nommés.
Le président de chaque conseil peut inviter aux séances, avec voix consultative, toute personne dont la présence est jugée utile sur un point précis de l'ordre du jour.

Tout membre nommé du conseil d'administration ou du conseil scientifique, s'il n'est pas présent ou représenté lors de trois séances consécutives, peut être déclaré démissionnaire à la majorité des autres membres composant le conseil auquel il appartient.
Toute cessation de fonctions, pour quelque cause que ce soit en cours de mandat, donne lieu à la désignation d'une nouvelle personnalité dans les mêmes conditions, pour la durée du mandat restant à courir, sauf si la vacance intervient moins de six mois avant l'expiration du mandat.

I. ― Les conditions d'exercice du droit de suffrage, d'éligibilité, le déroulement et les conditions de régularité du scrutin et les modalités de recours contre les élections sont fixés par les articles D. 719-7 à D. 719-40 du code de l'éducation, sous réserve des dispositions ci-après :
1° Les représentants des personnels, des élèves et des étudiants sont élus au scrutin uninominal majoritaire à deux tours. L'élection est acquise à la majorité absolue des suffrages exprimés au premier tour, à la majorité relative au second tour. En cas d'égalité des voix au second tour, le siège est attribué au candidat le plus jeune ;
2° Pour les élèves, les étudiants et les personnels de bibliothèque, ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, de service et de santé, chaque candidat se présente avec un suppléant appelé à siéger en cas d'empêchement temporaire ou définitif du titulaire ;
3° Pour les élections au conseil d'administration et au conseil scientifique, les personnels d'enseignement et de recherche sont répartis entre les collèges A et B définis au I de l'article D. 719-4 du code de l'éducation. Sont électeurs dans les collèges correspondants les personnels d'enseignement et de recherche affectés à l'école. Les personnels enseignants titulaires affectés dans un autre établissement sont également électeurs s'ils effectuent à l'école un nombre d'heures d'enseignement au moins égal au tiers des obligations d'enseignement de référence ;
4° Au conseil scientifique, au titre du collège des usagers, sont électeurs et éligibles les élèves et étudiants ayant effectué avec succès la première année de master ou titulaires d'un diplôme équivalent ou inscrits en doctorat.
II. ― Il n'est procédé à une élection partielle que lorsque le remplacement ne peut avoir lieu conformément aux dispositions du I.
S'il a été pourvu par élection partielle à la vacance d'un siège dans l'un des collèges des personnels, l'ensemble des représentants élus des personnels est renouvelé lorsque le mandat de l'un de ces représentants arrive à son terme normal.

I. ― Le règlement intérieur de l'école précise les règles relatives à la composition et au fonctionnement des conseils.
Il fixe notamment :
1° Les règles de quorum des différents conseils, les modalités de délibération et de représentation de leurs membres, les modalités de convocation, d'établissement et d'envoi de l'ordre du jour de ces conseils ainsi que la présidence de ceux-ci en cas d'empêchement de leurs présidents respectifs ;
2° Les conditions d'élection du président du conseil d'administration et du président du conseil scientifique ;
3° Les règles de publicité des délibérations ;
4° Les modalités d'organisation et de fonctionnement des commissions formées par le conseil d'administration en application du dernier alinéa de l'article 9.
II. ― Il peut prévoir que les membres des conseils participent aux séances par des moyens de visioconférence ou de communication électronique satisfaisant à des caractéristiques techniques garantissant la transmission continue et simultanée des débats et la confidentialité des votes lorsque le scrutin est secret, permettant l'identification des intervenants et assurant la participation effective de ceux-ci à une délibération collégiale.
Les membres qui participent par ces moyens aux séances sont réputés présents dans le calcul du quorum et de la majorité requise.

Les missions des départements, des laboratoires de recherche, des services et des instituts, les modalités de désignation de leurs responsables ainsi que leurs règles d'organisation et de fonctionnement sont fixées par le règlement intérieur de l'école.

L'école peut avec d'autres établissements publics d'enseignement supérieur ou de recherche créer un ou plusieurs services communs. Les établissements intéressés règlent par convention l'organisation et les modalités de gestion de ce service. Cette convention mentionne les missions dévolues au service, l'établissement de rattachement au sein duquel le service établit son siège ainsi que les droits et obligations des établissements contractants. Elle précise en outre les conditions de nomination du directeur de ce service, la durée de son mandat ainsi que, le cas échéant, la composition, les attributions et les modalités de fonctionnement de l'instance consultative qui assiste le directeur.

Les structures internes de l'école ou leurs regroupements peuvent disposer d'un budget propre intégré au budget de l'école ou être dotés d'un budget annexe dans les conditions définies par l'article L. 719-5 du code de l'éducation et le texte pris pour son application.
Les services communs créés en application de l'article 17 sont dotés d'un budget annexé au budget de l'établissement de rattachement.