Le conseil d'administration élit pour une durée de six ans son président parmi les représentants de la collectivité territoriale de Corse siégeant en son sein. Il élit deux vice-présidents parmi l'ensemble de ses membres. Il désigne également deux administrateurs qui, avec le président, les vice-présidents et le préfet de Corse constituent le bureau.
Le bureau comporte au moins un représentant d'un établissement public de coopération intercommunale à fiscalité propre.
Les vice-présidents suppléent, dans l'ordre d'élection, le président en cas d'absence ou d'empêchement.