Jusqu'au 1er janvier 2013, les services et le personnel de la chambre départementale d'agriculture du Territoire de Belfort sont gérés par la chambre d'agriculture du Doubs. Par dérogation aux dispositions de l'article D. 511-69 du code rural et de la pêche maritime, un directeur unique assure le fonctionnement des chambres départementales du Doubs et du Territoire de Belfort. Les personnels des deux chambres départementales sont autorisés à exercer leurs fonctions sur les départements du Doubs et du Territoire de Belfort.