L'institut est administré par un conseil d'administration, assisté d'un conseil scientifique.

L'institut est dirigé par un directeur général.

Pour l'élaboration de la stratégie d'ensemble mentionnée au dernier alinéa de l'article 2 et la coordination de sa mise en œuvre, le directeur général est assisté d'un collège des directeurs, qu'il préside et qui comprend les directeurs des écoles de l'établissement. Le directeur général peut inviter les directeurs des écoles associées à participer aux réunions du collège des directeurs.