Le directeur du centre rend compte annuellement de l'activité et des résultats du centre devant le comité directeur de la fonction garde-côtes prévu à l'article 6-1 du décret du 22 novembre 1995 susvisé.
Le directeur est désigné par le Premier ministre sur proposition des ministres sous l'autorité desquels sont placés les directeurs siégeant à titre permanent au comité directeur de la fonction garde-côtes.