Le secrétaire général a autorité sur les directions et services suivants :
― la direction des ressources humaines ;
― la direction des affaires financières, informatiques, immobilières et des services ;
― la direction de l'administration générale et de la modernisation des services ;
― la délégation aux affaires juridiques ;
― la délégation aux affaires européennes et internationales ;
― la délégation à l'information et à la communication ;
― la délégation à la stratégie des systèmes d'information de santé.