La commission définit son règlement intérieur, qui précise ses règles de fonctionnement et la procédure qui préside à l'élaboration de ses propositions.
Elle peut recourir à l'audition d'experts. En cas d'égalité des votes, le président dispose d'une voix prépondérante.
Son secrétariat est assuré par la direction de l'accueil, de l'intégration et de la citoyenneté.