Le préfet, administrateur supérieur des îles de Wallis et Futuna, est l'autorité de tutelle de l'établissement.
Il exerce les compétences attribuées au ministre chargé de l'agriculture par les articles R. 811-98 à R. 811-100 du code rural et de la pêche maritime.
Par dérogation au II de l'article R. 811-95 du code rural et de la pêche maritime, le budget, les décisions modificatives et l'approbation du compte financier de l'exercice écoulé sont transmis à l'autorité de tutelle dans un délai de cinq jours suivant la délibération du conseil d'administration. Ils deviennent exécutoires dans un délai de trente jours à compter de la date de réception par cette autorité, sauf si elle a fait connaître son désaccord motivé. Dans ce cas, ou lorsque le budget n'est pas adopté dans les délais fixés au I de l'article R. 811-98 du code rural et de la pêche maritime, il est réglé par l'autorité de tutelle.