Les membres chargés de missions d'audit, de contrôle et d'inspection exercent leurs missions dans les conditions fixées à l'article 91 de la loi n° 2014-1170 du 13 octobre 2014 d'avenir pour l'agriculture, l'alimentation et la forêt. Ils reçoivent, dans l'exercice de ces missions, le concours des agents du ministère chargé de l'agriculture, de l'alimentation et de la pêche et, en tant que de besoin, des autres administrations.

En matière d'audit interne, le conseil général conduit ses travaux conformément aux normes reconnues par l'Etat.

A l'issue des missions, les rapports sont adressés au ministre intéressé par le vice-président, qui propose les modalités selon lesquelles ils pourront être communiqués.