L'établissement comprend un service du contrôle médical, qui exerce les missions définies au chapitre V du titre Ier du livre III du code de la sécurité sociale.

Il est institué auprès du service du contrôle médical un conseil de santé du régime de sécurité sociale des marins et des gens de mer chargé de donner un avis sur le caractère professionnel des maladies et accidents des marins et des gens de mer et sur toute autre question qui peut lui être soumise. Les modalités d'application du présent article sont fixées par décret.