Les conseils scientifiques d'estuaire créés pour la Seine, la Loire et la Gironde par l'article 16 de la loi du 4 juillet 2008 susvisée sont composés de personnalités qualifiées à raison de leurs compétences scientifiques en matière de préservation et de gestion des espaces naturels.
Ces personnalités qualifiées sont nommées pour une période de cinq ans renouvelable, après avis du préfet maritime compétent pour l'estuaire concerné et des préfets des départements des communes riveraines de l'estuaire par :
― le préfet de la région Haute-Normandie pour le conseil scientifique de l'estuaire de la Seine ;
― le préfet de la région Pays de la Loire pour l'estuaire de la Loire ;
― le préfet de la région Aquitaine pour l'estuaire de la Gironde.
Le préfet compétent pour procéder aux nominations arrête le nombre de membres du conseil, qui est compris entre dix et vingt.

Chaque conseil scientifique élit en son sein son président. Il établit son règlement intérieur. Son secrétariat est assuré par les services de l'Etat.

Le conseil scientifique d'estuaire peut connaître de l'ensemble des questions relatives à la préservation de l'estuaire, à sa gestion, à l'aménagement de ses milieux naturels ainsi qu'aux activités et travaux susceptibles d'avoir un impact sur ces milieux.
Il peut faire des recommandations sur toute question relative aux milieux naturels de l'estuaire et à son fonctionnement.
Il est saisi pour avis par le directoire de chaque grand port maritime de l'estuaire des parties du projet stratégique relatives à la gestion et à la préservation des espaces naturels appartenant à sa circonscription, ainsi que des projets de programmes d'aménagement et de travaux pouvant affecter ou concerner ces espaces naturels.
Il peut être saisi par le préfet de région mentionné à l'article 1er du présent décret pour donner un avis sur des programmes d'aménagement, des travaux ou des mesures de gestion susceptibles d'avoir un impact sur le fonctionnement des écosystèmes estuariens.
Il donne, dans un délai de deux mois, un avis motivé sur les questions dont il est saisi. A défaut, l'avis est réputé favorable.

Pour le premier projet stratégique des grands ports maritimes, il rend un avis motivé dans un délai d'un mois. A défaut, l'avis est réputé favorable.

Le conseil scientifique établit un rapport annuel d'activité qu'il transmet au préfet de région mentionné à l'article 1er ainsi qu'au directoire du grand port maritime ou des grands ports maritimes concernés.

Le conseil scientifique d'estuaire est réuni en tant que de besoin et au moins deux fois par an.

Les membres du conseil scientifique exercent leurs fonctions à titre gratuit. Ils bénéficient du remboursement des frais de déplacement et de séjour supportés par eux dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires civils de l'Etat.

Le ministre d'Etat, ministre de l'écologie, de l'énergie, du développement durable et de l'aménagement du territoire, et le secrétaire d'Etat chargé des transports sont chargés, chacun en ce qui le concerne, de l'exécution du présent décret, qui sera publié au Journal officiel de la République française.