Le Conseil national de la comptabilité dispose de services dirigés par un directeur général. Ce dernier est nommé par arrêté du ministre chargé de l'économie, après avis du président du collège. Il est chargé de la gestion administrative du conseil, de la préparation et du suivi des travaux techniques ainsi que de toute question qui pourrait lui être confiée. Il assiste aux réunions des formations du conseil.

L'organisation de la direction générale est fixée par le collège, sur proposition du directeur général.