Le directeur fonctionnel peut être chargé dans les services centraux de la direction générale des douanes et droits indirects de fonctions de coordination, d'encadrement ou de pilotage de services requérant une expérience particulière des activités de cette direction générale. Il peut exercer une fonction de direction à la tête ou au sein d'un service à compétence nationale.
Il peut également se voir confier par le directeur général des douanes et droits indirects des missions particulières.

Peuvent être nommés à l'emploi de directeur fonctionnel des douanes et droits indirects :
1° Les fonctionnaires occupant ou ayant occupé un emploi de directeur interrégional ou de directeur régional de la direction générale des douanes et droits indirects ;
2° Les directeurs des services douaniers de 1re classe ;
3° Les directeurs des services douaniers de 2e classe ayant au moins 1 an 6 mois d'ancienneté dans le 4e échelon ;
4° Les fonctionnaires des corps issus de l'Ecole nationale d'administration ayant atteint un échelon doté d'un indice au moins équivalent à celui du 5e échelon de la hors-classe du corps des administrateurs civils et justifiant de trois années de services effectifs accomplis en cette qualité dans les services centraux du ministère de l'économie, des finances et de l'industrie.
Lors de leur nomination dans un emploi de directeur fonctionnel, les intéressés sont classés à l'échelon comportant l'indice égal ou, à défaut, immédiatement supérieur à celui qu'ils détenaient auparavant. Dans la limite de la durée de service exigée pour l'accès à l'échelon supérieur de leur nouvel emploi, ils conservent l'ancienneté acquise dans l'échelon de leur grade ou emploi d'origine lorsque l'augmentation de traitement résultant de leur détachement est inférieure ou égale à celle que leur aurait procurée un avancement d'échelon dans leur ancien grade ou emploi ou, lorsqu'ils ont déjà atteint l'échelon terminal de leur grade ou emploi d'origine, si cette augmentation est inférieure ou égale à celle qui a résulté de leur promotion à ce dernier échelon.

L'emploi de directeur fonctionnel comporte trois échelons. La durée du temps passé dans le 1er et le 2e échelon est fixée à 2 ans 6 mois.