Le préfet communique le dossier, sous réserve des données couvertes par l'article 10, aux chefs des services intéressés et aux maires des communes sur le territoire desquelles sont prévus les travaux. Lorsque la demande porte sur le fond de la mer, le préfet communique en outre le dossier au préfet maritime et à l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (IFREMER).
Les personnes et organisme consultés disposent d'un délai d'un mois pour faire connaître leurs observations. Pour les maires, ce délai court à compter de la clôture de l'enquête publique prévue à l'article 13.
Le dossier est également adressé au président de la commission locale de l'eau, dans les conditions définies au a de l'article 6 du décret n° 93-742 du 29 mars 1993 susvisé.

Sous réserve des données couvertes par le 3° du II de l'article 6 et par l'article 10, le préfet soumet la demande d'autorisation à une enquête publique dans les conditions prévues par le III de l'article R. 122-11 et par les articles R. 123-8 à R. 123-23 du code de l'environnement.
Toutefois, dans le département de la Guyane, l'enquête publique fait l'objet des adaptations suivantes :
1° Le délai de deux mois mentionné au 1° de l'article R. 123-13 est porté à trois mois ;
2° Le siège de l'enquête, le lieu où sont reçues les observations du public et le lieu de consultation du rapport et des conclusions du commissaire enquêteur ou de la commission d'enquête mentionnés au 2° de l'article R. 123-13 sont fixés au chef-lieu de l'arrondissement dans le ressort duquel doivent se dérouler les travaux faisant l'objet de la demande d'autorisation de travaux ;
3° L'avis au public mentionné au premier alinéa de l'article R. 123-14 est publié un mois au moins avant le début de l'enquête et publié à nouveau dans les huit premiers jours, dans un journal diffusé localement ; il est affiché un mois avant le début de l'enquête et durant toute la durée de celle-ci au chef-lieu d'arrondissement et dans les communes sur le territoire desquelles doivent se dérouler les travaux faisant l'objet de la demande d'autorisation ; il n'est pas procédé à l'affichage sur les lieux prévu par le dernier alinéa de l'article R. 123-14 ;
4° Pour la fixation des jours et heures de consultation du dossier et de présentation des observations prévus à l'article R. 123-16, il est tenu compte, en outre, des moyens et délais de déplacement ;
5° Un exemplaire du registre d'enquête mentionné à l'article R. 123-17 est déposé au siège de l'enquête et à la mairie de chacune des communes sur le territoire duquel doivent se dérouler les travaux faisant l'objet de la demande d'autorisation de travaux ;
6° La visite des lieux par le commissaire enquêteur ou les membres de la commission d'enquête prévue à l'article R. 123-18 s'applique aux seuls travaux d'exploitation réalisés dans le cadre d'une concession ; la population doit être informée de cette visite au moins huit jours avant, par tout moyen ;
7° Quand la réunion publique prévue à l'article R. 123-20 est organisée, elle a lieu au siège de l'enquête ;
8° La consultation des personnes prévues au deuxième alinéa de l'article R. 123-22 se déroule au siège de l'enquête ; si le titre est un permis d'exploitation ou un permis de recherches, cette consultation peut se faire par écrit.

Le préfet transmet l'ensemble du dossier au directeur régional de l'industrie, de la recherche et de l'environnement. Celui-ci établit un rapport et donne son avis sur la demande d'autorisation et les résultats de l'enquête.
Ce rapport et cet avis sont présentés à la commission départementale prévue à l'article L. 1416-1 du code de la santé publique. Le pétitionnaire a la faculté de se faire entendre par la commission ou de désigner à cet effet un mandataire. Il est informé par le préfet au moins huit jours à l'avance de la date et du lieu de la réunion de la commission et reçoit simultanément un exemplaire des propositions du directeur régional de l'industrie, de la recherche et de l'environnement.

Le préfet statue sur les demandes d'autorisation. Lorsque la demande porte sur le fond de la mer, le préfet assortit les autorisations qu'il délivre des prescriptions qui sont demandées, le cas échéant, par le préfet maritime. Il refuse l'autorisation dans le cas d'un avis défavorable motivé du préfet maritime.
En cas d'autorisation, le préfet fait connaître préalablement au demandeur les prescriptions, notamment celles demandées, le cas échéant, par le préfet maritime, dont il entend assortir son arrêté. Ces prescriptions portent notamment sur les mesures de contrôle des ouvrages et des installations, sur la surveillance de leurs effets sur l'eau et sur l'environnement, sur les conditions dans lesquelles doivent être portés à la connaissance du public les analyses, les mesures et les résultats des contrôles éventuellement exigés, ainsi que sur les moyens d'intervention dont doit disposer le bénéficiaire en cas d'incident ou d'accident. Pour les demandes mentionnées au 4° de l'article 3, les prescriptions comprennent l'indication des conditions dans lesquelles devront être effectués les tests d'étanchéité. Le demandeur dispose d'un délai de quinze jours pour présenter ses observations éventuelles par écrit, directement ou par un mandataire, sur les prescriptions envisagées.
Le silence gardé par le préfet pendant plus de douze mois sur la demande d'autorisation vaut décision de rejet. Toutefois, s'il a été fait application de la procédure prévue à l'article 68-16 du code minier, le préfet statue sur la demande d'autorisation d'ouverture de travaux dans le délai d'un mois à compter de la publication au Journal officiel de l'arrêté du ministre chargé des mines statuant sur la demande de permis d'exploitation.
L'arrêté du préfet est publié au recueil des actes administratifs de la préfecture et, en outre, par extrait, dans les journaux où l'avis d'enquête a été inséré. Cette dernière publication est faite aux frais du demandeur.

Lorsque, postérieurement à la délivrance de l'autorisation, il y a lieu de fixer des prescriptions supplémentaires ou d'atténuer, de supprimer ou de modifier certaines des prescriptions initiales, le préfet fait connaître à l'intéressé, qui dispose de quinze jours pour faire connaître ses observations éventuelles par écrit, directement ou par un mandataire, les mesures qu'il entend prescrire. Il consulte la commission départementale mentionnée à l'article 14, dans les conditions prévues par cet article et, pour les travaux portant sur le fond de la mer, le préfet maritime.
Le préfet édicte, le cas échéant, les prescriptions demandées par le préfet maritime, selon la procédure prévue à l'alinéa précédent.

Le bénéficiaire de l'autorisation est tenu de faire connaître au préfet les modifications qu'il envisage d'apporter à ses travaux, à ses installations ou à ses méthodes de travail lorsqu'elles sont de nature à entraîner un changement substantiel des données initiales du dossier mis à l'enquête. Dans ce cas, après avoir consulté les services intéressés et la commission départementale mentionnée à l'article 14, si les changements prévus le justifient, le préfet prend un arrêté de prescriptions supplémentaires dans les formes prévues à l'article précédent, ou fait connaître au bénéficiaire qu'il doit déposer une demande nouvelle qui sera instruite dans les conditions prévues au présent chapitre. Dans ce dernier cas, le bénéficiaire de l'autorisation peut poursuivre ses travaux selon les modalités initialement prévues jusqu'à ce qu'il soit statué sur cette nouvelle demande.