Le directeur général du numérique et des systèmes d'information et de communication est assisté de deux directeurs adjoints, qui le secondent et le suppléent dans l'exercice de ses attributions.

Il dispose du fonctionnaire de sécurité des systèmes d'information du ministère de la défense, qui l'assiste pour le contrôle de l'application des dispositions relatives à la sécurité des systèmes d'information.