La mission permanente d'inspection générale et d'audit pilote les missions relevant de l'audit de la mise en oeuvre des politiques communautaires, de l'inspection des services centraux et déconcentrés ainsi que des établissements publics, de la réalisation des programmes budgétaires, du contrôle de gestion et de l'évaluation de la performance de l'action publique, du suivi de l'utilisation des subventions et des contrôles vétérinaires et phytosanitaires.

La mission permanente élabore les cadres de référence pour la mise en oeuvre des actions de contrôle, d'inspection générale et d'audit au sein du ministère chargé de l'agriculture. Elle contribue à leur élaboration lorsqu'ils font intervenir d'autres départements ministériels. Elle participe à l'élaboration des références méthodologiques en matière d'évaluation des politiques publiques. Elle peut réaliser, à la demande du ministre, des actions de médiation au sein des services ou établissements publics de l'Etat.