Les membres du Conseil général de l'agriculture, de l'alimentation et des espaces ruraux sont affectés à titre principal à l'une des missions permanentes, à l'une des sections ou, dans des conditions fixées par arrêté, à l'une des commissions, par décision du vice-président prise sur avis conforme du bureau.

Le règlement intérieur fixe les conditions dans lesquelles sont désignés les membres chargés des différentes missions confiées au conseil général.

La charte de déontologie détermine les cas d'incompatibilité entre la réalisation des missions relevant de la mission permanente d'orientation et de valorisation des compétences et de celles relevant de la mission permanente d'inspection générale et d'audit.