L'Ecole nationale du génie rural, des eaux et des forêts assure notamment les missions prévues au quatrième alinéa de l'article 3. Elle est administrée par un conseil et dirigée par un directeur, directeur adjoint de l'établissement, nommé par le ministre chargé de l'agriculture, sur proposition du directeur général de l'Institut des sciences et industries du vivant et de l'environnement.

Le directeur général de l'établissement assiste avec voix consultative au conseil de l'école.