L'Etablissement public du campus de Jussieu est administré par un conseil d'administration et dirigé par un directeur général.

Le conseil d'administration comprend outre son président :
1° Seize membres de droit :
- le directeur général de l'enseignement supérieur au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
- le directeur général de la recherche et de l'innovation au ministère chargé de la recherche ou son représentant ;
- le secrétaire général du ministère de l'éducation nationale ou son représentant ;
- le directeur du budget au ministère chargé du budget ou son représentant ;
- le directeur général chargé de la santé au ministère chargé de la santé ou son représentant ;
- le directeur général chargé de l'urbanisme, de l'habitat et de la construction au ministère chargé de la construction ou son représentant ;
- le maire de Paris ou son représentant ;
- le président du conseil régional d'Ile-de-France ou son représentant ;
- le préfet de la région d'Ile-de-France, préfet de Paris, ou son représentant ;
- le recteur de l'académie de Paris, chancelier des universités, ou son représentant ;
- le président de l'université Paris-III ou son représentant ;
- le président de l'université Paris-VI ou son représentant ;
- le président de l'université Paris-VII ou son représentant ;
- le directeur de l'Institut de physique du Globe ou son représentant ;
- le directeur de l'Ecole nationale supérieure de chimie de Paris ou son représentant ;
- le président du conseil d'administration de l'Etablissement public d'aménagement universitaire ou son représentant ;
2° Une personnalité désignée en raison de sa compétence dans le domaine d'activité de l'établissement par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
3° Deux représentants du personnel de l'établissement élus dans les conditions fixées par délibération du conseil d'administration.

Le président du conseil d'administration est nommé par décret, sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur, pour une durée de cinq ans renouvelable. La limite d'âge qui lui est applicable est fixée à soixante-huit ans.
Les membres du conseil d'administration autres que les membres de droit sont nommés pour une période de cinq ans renouvelable. En cas de vacance d'un siège pour quelque cause que ce soit, un autre membre est nommé dans les mêmes conditions pour la durée du mandat restant à courir.

Le président et les membres du conseil d'administration ne peuvent prendre ou conserver aucun intérêt ni occuper aucune fonction dans les entreprises traitant avec l'établissement public pour des marchés de travaux, de fournitures ou de services. Ils ne peuvent également assurer aucune prestation pour ces entreprises, ni prêter un concours à titre onéreux à l'établissement public, sous quelque forme que ce soit.
Les membres du conseil d'administration exercent leurs fonctions à titre gratuit.
Une indemnité de fonction dont le montant est fixé par arrêté conjoint du ministre chargé de la fonction publique, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'enseignement supérieur peut être attribuée au président du conseil d'administration.
Les frais de déplacement et de séjour du président et des membres du conseil d'administration sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires civils de l'Etat.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour.
Le conseil est, en outre, convoqué par le président à la demande du ministre chargé de l'enseignement supérieur ou à la demande conjointe des présidents ou directeurs d'établissements d'enseignement faisant partie du campus. Dans ce cas, la séance a lieu dans un délai d'un mois à compter de la demande. Les questions dont le ministre chargé de l'enseignement supérieur ou les présidents ou directeurs d'établissements d'enseignement faisant partie du campus demandent l'examen à cette occasion sont inscrites de droit à l'ordre du jour.
Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres sont présents. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué dans un délai de huit jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de ses membres présents ou représentés. Les délibérations sont prises à la majorité des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Le directeur général, l'autorité chargée du contrôle financier, l'agent comptable, le directeur général du Centre national de la recherche scientifique ainsi que toute personne dont le président souhaite recueillir l'avis assistent aux séances du conseil, avec voix consultative.

Le conseil d'administration délibère sur :
1° Les orientations de l'établissement et son programme d'activités et d'investissements pluriannuel ;
2° Le budget primitif et ses modifications ;
3° Le compte financier et l'affectation du résultat de l'exercice ;
4° Les conditions générales d'emploi et de rémunération du personnel ;
5° L'organisation générale des services ;
6° Les projets de conventions mentionnées à l'article 3 ;
7° La convention de gestion mentionnée à l'article 4 ;
8° L'exercice des actions en justice et les transactions ;
9° Les dons et legs ;
10° Les conditions générales de passation des marchés, qui prévoient notamment la composition, les modalités de fonctionnement des jurys et des commissions d'appel d'offres ;
11° Le rapport annuel d'activité.
Pour les matières énumérées aux 5°, 6°, 7°, 8° et 9°, le conseil d'administration peut déléguer ses pouvoirs au directeur général dans les conditions qu'il détermine.
Il arrête son règlement intérieur.

Les délibérations du conseil d'administration mentionnées aux 1°, 5°, 8° et 9° de l'article 10 sont exécutoires de plein droit si le ministre chargé de l'enseignement supérieur n'y fait pas opposition dans les quinze jours qui suivent la réception du procès-verbal de la séance.
Les délibérations mentionnées aux 4°, 6°, 7° et 10° deviennent exécutoires de plein droit si le ministre chargé de l'enseignement supérieur et le ministre chargé du budget, et pour le 4° le ministre chargé de la fonction publique, n'y font pas opposition dans les quinze jours qui suivent la réception du procès-verbal de la séance.
Les délibérations portant sur le budget et ses modifications ainsi que sur le compte financier sont approuvées dans les conditions déterminées par le décret du 8 juillet 1999 susvisé.

Les fonctions de directeur général de l'Etablissement public du campus de Jussieu sont exercées par le directeur général de l'Etablissement public d'aménagement universitaire.
Le directeur général :
1° Prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution ;
2° A autorité sur l'ensemble des personnels de l'établissement. Il recrute, nomme et gère les agents contractuels et les fonctionnaires. Il fixe leur rémunération ;
3° Est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement ;
4° Peut prendre, en accord avec l'autorité chargée du contrôle financier, dans l'intervalle des séances du conseil d'administration, des décisions modificatives du budget qui ne comportent ni augmentation du montant total des dépenses, ni accroissement des effectifs, ni diminution du montant total des recettes, ni virement de crédits entre la section de fonctionnement et la section des opérations en capital ou entre les chapitres des dépenses de fonctionnement et les chapitres de dépenses de personnel. Ces décisions sont exécutoires après notification aux ministres chargés de l'enseignement supérieur et du budget et doivent être ratifiées par le conseil d'administration lors de la première séance qui suit leur adoption ;
5° Conclut toutes conventions se rapportant aux missions de l'établissement ; il est l'autorité responsable des marchés ;
6° Représente l'établissement en justice et dans les actes de la vie civile.
Le directeur général peut déléguer sa signature aux titulaires des emplois de direction et à des chefs de service. Ceux-ci, dans la limite des délégations qui leur sont consenties, peuvent subdéléguer leur signature dans des conditions fixées par décision du directeur général.
Les décisions de délégation de signature sont rendues publiques sur le site internet de l'établissement public. Une copie en est délivrée à tout tiers qui en fait la demande.