Lorsque la mise à la consommation intervient en suite de circulation intracommunautaire ou en suite d'importation, le certificat de mise à la consommation de biocarburant est émis ponctuellement, puis visé par le service des douanes, sur la base des indications relatives à la mise à la consommation de biocarburant portées sur le document d'accompagnement électronique, le document administratif unique ou tout autre document probant. A défaut d'indication, le carburant est réputé ne pas contenir de biocarburant.

En cas de mise à la consommation directe en suite de livraison intracommunautaire ou d'importation, et lorsque le nombre d'opérations est important, un certificat de mise à la consommation de biocarburant peut être émis de façon mensuelle. Dans ce cas, l'opérateur doit tenir une comptabilité matières de teneur en biocarburants du type de celle qui est tenue en entrepôt fiscal de stockage.