L'Etablissement public d'aménagement universitaire est soumis au régime financier et comptable défini par le décret du 10 décembre 1953 susvisé et les articles 151 à 189 du décret du 29 décembre 1962 susvisé ainsi qu'au contrôle financier prévu par le décret du 4 juillet 2005 susvisé.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'enseignement supérieur et du budget.

Les ressources de l'établissement public comprennent :
1° La subvention pour charge de service public versée par l'Etat ;
2° Les subventions d'investissement ou dotations liées à la réalisation des opérations ou missions mentionnées à l'article 2 ;
3° Les subventions, avances, fonds de concours ou contributions attribués par l'Etat, les établissements publics et par toute autre personne ;
4° Le produit des prestations mentionnées à l'article 2 lorsqu'elles sont réalisées à titre onéreux ;
5° Les revenus de biens et de valeurs ;
6° Le produit des participations ;
7° Le produit des aliénations ;
8° Le produit des redevances domaniales ;
9° Les dons et legs ;
10° D'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses de l'établissement comprennent :
1° Les frais de personnel ;
2° Les frais de fonctionnement ;
3° Les frais d'études et de conseil ;
4° Les frais d'équipement ;
5° Les frais d'acquisitions immobilières ;
6° Les impôts et contributions de toute nature ;
7° D'une manière générale, toutes les dépenses nécessaires aux activités de l'établissement.

Des régies d'avances et des régies de recettes peuvent être créées auprès de l'établissement dans les conditions prévues par le décret du 20 juillet 1992 susvisé.